Сын видного деятеля искусств Е. И. Маковского, одного из основателей Московского училища живописи, ваяния и зодчества. Мать Владимира — Любовь Корнилиевна, урождённая Моленгауэр. Брат художника Константина Егоровича Маковского.
С детства Владимира окружала атмосфера искусства. В доме отца собирались известные люди — Глинка, Гоголь, Щепкин, Брюллов, Тропинин… Устраивались литературные, рисовальные и музыкальные вечера. В семье было пятеро детей — старшая дочь Александра, сыновья Константин, Николай, Владимир и младшая дочь Мария. Они стали известными художниками, а Мария — певицей.
Первые уроки изобразительного искусства Маковский брал у В. А. Тропинина. В пятнадцать лет он написал жанровую картину «Мальчик, продающий квас» (1861).
С 1861 по 1866 год учился в Московском училище живописи, ваяния и зодчества у продолжателя венециановской школы С. К. Зарянко и Е. С. Сорокина. Училище Владимир окончил с серебряной медалью и званием классного художника III степени за работу «Литературное чтение»[5].
В 1869 году за картину «Крестьянские мальчики стерегут лошадей» Маковский получил звание классного художника первой степени и золотую медаль имени Виже-Лебрен за экспрессию. Картина «Игра в бабки» стала первой картиной Маковского, купленной П. М. Третьяковым для своей галереи, что означало признание его как художника.

В 1872 году он стал членом Товарищества передвижных художественных выставок. С самого начала был одним из наиболее деятельных членов Товарищества, участвовал почти во всех выставках, а с 1874 года его избрали членом правления.
В 1873 году за картину «Любители соловьёв» Маковский был произведён Академией художеств в академики. Картина была выставлена на Всемирной выставке в Вене, где привлекла всеобщее внимание. Фёдор Достоевский писал о ней: «…если нам есть чем-нибудь погордиться, что-нибудь показать, то уж, конечно, из нашего жанра… в этих маленьких картинках, по-моему, есть даже любовь к человечеству, не только к русскому в особенности, но даже и вообще».
В это же время он написал 21 жанровую картину для альбома «Эпизоды Севастопольской жизни 1854—1855 годов». Одной из наиболее известных работ художника является картина «Крах банка», поводом для создания которой стали конкретные исторические события: банкротство Московского ссудного коммерческого банка и крах Скопинского банка в 70-е — 80-е годы XIX века.
С 1882 по 1894 год Маковский преподавал в Московском училище живописи, ваяния и зодчества. В это время он писал иконы для церкви и часовни в Борках. В 1892 году ему было присвоено звание профессора. Вплоть до 1894 года он жил и работал в Москве,
С 1894 по 1918 год Маковский преподавал в Санкт-Петербурге, в Императорской Академии художеств, куда он был приглашён на должность руководителя жанровой мастерской. В 1895 году он был назначен ректором академии. С 1905 года действительный статский советник.
Владимир Егорович Маковский умер 21 февраля 1920 года и был похоронен в Петрограде на Смоленском православном кладбище.